В 1763 году Гойя перебрался в Мадрид, где пытался поступить в Королевскую академию Сан-Фернандо. Потерпев неудачу, молодой художник не опустил руки и вскоре стал учеником придворного живописца Франсиско Бай-еу.
В 1773 году он женился на Хосефе Байеу. Это поспособствовало его утверждению в художественном мире того времени. Хосефа приходилась сестрой упомянутому Франсиско Байеу, пользовавшемуся немалым влиянием.
У Гойи и Хосефы родилось несколько детей, но все они, за исключением Хавьера (1784—1854), умерли в младенческом возрасте. Этот брак продолжался до самой смерти Хосефы, наступившей в 1812 году.
В 1780 году Гойю наконец-то приняли в Королевскую академию Сан-Фернандо.
Зимой 1792—93 годов безоблачной жизни преуспевающего художника пришел конец. Гойя отправился в Кадис навестить своего друга, Себастьяна Мартинеса. Там он перенес неожиданную и загадочную болезнь. Некоторые исследователи полагают, что причиной этой болезни могли стать сифилис или отравление ядом. Как бы то ни было, художника постиг паралич и частичная потеря зрения. Следующие несколько месяцев он провел на грани между жизнью и смертью.
В 1795 году, после смерти Байеу Гойя стал директором живописного отделения Королевской академии Сан-Фернандо.